天然酵素 生物体内的酵素就是一种蛋白质，而蛋白质是由胺基酸聚合而成的聚合物，由于具有氢键的吸引力形成三级结构， 具有活性中心，可以催化生物体内的各种生化反应。蛋白质工程是利用基因工程的方法，先将产生酵素的基因群殖出来， 再改变基因上某些A、T、G、C的顺序，以改变转译出来的蛋白质的胺基酸序列，形成我们所需要的酵素。 由于生物体内大部分的酵素都是经过千万年演化而来，所以都是活性大的状态， 利用蛋白质工程对酵素所做的改变并不会增加酵素的活性，而是用来增加酵素的安定性(比较不容易变质)， 或改变催化反应条件，或改变酵素对不同反应物(基质)的亲和程度。科学家发现修改酵素的某些胺基酸之后， 会使酵素的活性下降或完全失去活性，这个时候就也可以知道这几个胺基酸很重要。 固定化酵素 将酵素固定在固相物体(载体)表面上，称为"固定化酵素"，固定化酵素可以增加酵素的安定性、耐热性， 以及可重複使用的特性，也可以制作成生物反应器，让反应物(基质)通过反应器后，即可获得大量的生成物。 在反应器中可以模拟生物体内的某一个代谢路径，设计出连续反应的酵素，这样可以模拟细胞内的连续催化路径，产生更有学术或经济价值的生成物。 如果把酵素固定在薄膜上，制作成以酵素反应为基础的检验电极，可以快速检验大量的检体，称为"酵素电极"。